給与収入から給与所得控除(経費相当分)を差し引いて算定される。この給与所得控除額は、実際にかかった必要経費の額ではなく、給与等の収入金額に応じて算定される(所得税法28条2項)。いわゆる概算経費控除である。ただし、一定の範囲で実額の経費控除を認めるべく、特定支出控除制度が1987年に設けられた(所得税法57条の2)。
この給与所得控除については、給与所得者を事業所得者よりも不当に差別するものであって
憲法14条違反である、との批判があった。実際にも、この主張に基づいて
労働者税金訴訟が提起された。
税統計上の給与所得者を労働者と誤解させた上で議論する場合があるが、全くの誤りである。給与の源泉徴収税額から従業員や個人事業者の家族に支払った給与を区別することは現在の徴収方法では不可能である。